Le déroulement concret d’une enquête interne

Lorsqu’une entreprise décide de diligenter une enquête interne, elle intervient généralement à la suite d’un signalement, d’un conflit persistant, d’une alerte conformité ou d’une situation sensible nécessitant une clarification. Dans ces contextes, la direction doit disposer d’éléments fiables afin de comprendre les faits et d’apprécier les suites éventuelles, qu’il s’agisse de mesures de protection, de réorganisation ou de sanctions disciplinaires.

Contrairement à certaines idées reçues, une enquête interne ne vise pas à déterminer immédiatement des responsabilités ni à prononcer une sanction. Elle a pour objet premier d’établir les faits de manière structurée et objective, à partir d’éléments recueillis selon une méthode rigoureuse, respectueuse des droits de chacun et conforme aux obligations légales de l’employeur.

Le déroulement d’une enquête interne repose ainsi sur plusieurs étapes successives : préparation de la démarche, investigation, analyse des informations recueillies et formalisation des constats. Dans cette logique, FACTIA accompagne les organisations dans l’établissement rigoureux des faits, préalable indispensable à toute décision. FACTIA établit les faits. L’entreprise décide.

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1. Pourquoi une entreprise déclenche une enquête interne

1.1. Signalement ou alerte interne

Une enquête interne est fréquemment déclenchée à la suite d’un signalement formulé par un salarié, un manager ou un tiers. Ce signalement peut concerner des comportements inappropriés (harcèlement moral ou sexuel, discrimination, violence), des difficultés relationnelles persistantes, des manquements organisationnels ou toute situation susceptible de créer un risque pour l’entreprise ou ses collaborateurs.

Depuis la loi n° 2016-1691 du 9 décembre 2016 dite « Sapin 2 » et la loi n° 2022-401 du 21 mars 2022 dite « Waserman », les entreprises d’au moins 50 salariés doivent mettre en place un dispositif de recueil et de traitement des signalements, organisé par le décret n° 2022-1284 du 3 octobre 2022. Ce cadre impose à l’employeur de traiter avec diligence les alertes reçues, sous peine de voir sa responsabilité engagée.

Dans ce contexte, la direction doit examiner les éléments portés à sa connaissance et déterminer si une investigation structurée est nécessaire afin d’éclairer la situation et de prendre les mesures adaptées. La Défenseure des droits recommande que l’ouverture de l’enquête intervienne dans un délai raisonnable n’excédant pas deux mois après le signalement, afin d’éviter la dégradation de la situation et la perte d’éléments probants.

1.2. Conflit interne ou situation sensible

Au-delà des dispositifs de signalement, certaines situations internes peuvent conduire une entreprise à engager une enquête : tensions persistantes au sein d’une équipe, difficultés managériales récurrentes, incidents susceptibles d’affecter le fonctionnement de l’organisation ou le bien-être des salariés.

Dans ces contextes, plusieurs circonstances peuvent justifier la mise en place d’une investigation :

• Tensions ou conflits persistants au sein d’une équipe, non résolus malgré les interventions initiales
• Difficultés managériales signalées par plusieurs collaborateurs ou détectées lors d’entretiens annuels
• Situation susceptible d’affecter durablement le fonctionnement ou la cohésion de l’organisation
• Éléments nécessitant une clarification factuelle avant toute décision, réorganisation, repositionnement ou sanction

L’enquête interne permet alors de disposer d’une analyse structurée et contradictoire des faits rapportés, garantissant à la direction une vision objective de la situation.

1.3. Objectif : établir les faits avant toute décision

L’objectif principal d’une enquête interne consiste à recueillir et analyser les éléments disponibles afin d’établir une base factuelle fiable et documentée. Cette étape permet à la direction de comprendre la situation dans sa globalité avant d’envisager d’éventuelles mesures organisationnelles, managériales ou disciplinaires.

L’enquête interne poursuit plusieurs finalités complémentaires :

• Faire cesser rapidement les faits reprochés et éviter leur aggravation ou leur réitération
• Caractériser précisément les faits, identifier les responsabilités éventuelles et évaluer les risques encourus, disciplinaires, civils, pénaux et réputationnels
• Protéger les salariés concernés, victime présumée, témoins et personne mise en cause, dans le respect de leurs droits fondamentaux
• Décider des mesures correctrices adaptées : sanctions disciplinaires, réorganisation du service, renforcement du programme de conformité, voire dénonciation aux autorités ou négociation avec elles, convention judiciaire d’intérêt public, clémence auprès de l’Autorité de la concurrence, etc.

L’enquête ne se confond ni avec une procédure disciplinaire, ni avec une éventuelle procédure pénale : elle vise à établir des faits dans le cadre du droit du travail et des obligations de l’employeur, indépendamment de l’issue d’une plainte pénale ou d’une procédure civile en cours. Comme le souligne la Défenseure des droits dans sa décision-cadre du 5 février 2025, l’employeur ne peut pas différer l’ouverture de l’enquête interne dans l’attente du résultat d’une procédure pénale ou civile : ces deux procédures sont indépendantes, et les mêmes faits peuvent constituer une faute disciplinaire même en l’absence d’infraction pénale caractérisée.

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2. La préparation de l’enquête interne

2.1. Définition du périmètre de l’enquête

Avant de débuter les investigations, il est nécessaire de définir clairement le périmètre de l’enquête interne afin de structurer la démarche et d’éviter toute investigation trop large, disproportionnée ou imprécise, susceptible de porter atteinte aux droits des personnes sans nécessité établie.

Cette étape consiste notamment à préciser :

• Les faits ou événements concernés : nature des comportements allégués, contexte dans lequel ils se seraient produits, gravité apparente
• La période sur laquelle porte l’investigation : dates de début et de fin, ou détermination d’une période de référence raisonnable lorsque les faits ne sont pas datés avec précision
• Les personnes susceptibles d’être entendues : auteur du signalement, s’il est identifié, personne mise en cause, témoins directs ou indirects, hiérarchie, fonctions support, ressources humaines, direction juridique, informatique
• Les éléments ou documents pouvant être analysés : emails professionnels, dossiers partagés, documents papier, comptes rendus de réunion, enregistrements vidéo ou audio issus de dispositifs de contrôle licites, etc.

La définition du périmètre permet ainsi d’encadrer la conduite de l’enquête, de maîtriser sa durée et son coût, et d’organiser méthodiquement les investigations dans le respect du principe de proportionnalité, qui constitue l’un des fondements du cadre juridique applicable. Comme le rappellent les recommandations de l’Association française des juristes d’entreprise (AFJE) publiées en mars 2025, les mesures d’investigation mises en œuvre doivent être proportionnées aux faits à l’origine de l’enquête et ne peuvent porter atteinte aux droits des salariés au-delà de ce qui est strictement nécessaire.

2.2. Désignation de l’enquêteur

L’enquête interne peut être conduite par des ressources internes de l’entreprise (direction des ressources humaines, direction éthique et conformité, collaborateurs formés à l’enquête) ou confiée à un intervenant externe spécialisé. Le choix dépend notamment de la sensibilité de la situation, du niveau de conflit interne, de la mise en cause éventuelle de la ligne managériale et du besoin d’indépendance dans la conduite des investigations.

L’impartialité de l’enquêteur constitue un élément déterminant pour la crédibilité de l’enquête et la valeur probante de ses conclusions. La Défenseure des droits, dans sa décision-cadre du 5 février 2025, recommande ainsi :

• De confier l’enquête à une personne extérieure au service où les faits se sont déroulés
• De recourir à un prestataire externe lorsque la direction ou le service habituellement chargé d’enquêter est mis en cause
• De garantir l’absence de pressions de l’employeur sur les enquêteurs
• De privilégier, lorsque cela est possible, une conduite collégiale de l’enquête, au moins deux personnes, avec compétences pluridisciplinaires, dont au moins une compétence juridique solide

Le recours à un avocat-enquêteur externe permet, en outre :

• De bénéficier de garanties renforcées d’indépendance et de respect des droits de la défense, liées à la déontologie de la profession, serment d’avocat, principes déontologiques rappelés par le décret n° 2023-552 du 30 juin 2023 : dignité, conscience, indépendance, probité, humanité, loyauté
• De placer les investigations dans le cadre du secret professionnel visé à l’article 66-5 de la loi n° 71-1130 du 31 décembre 1971, sous réserve des limites posées par la jurisprudence et les demandes éventuelles des autorités de contrôle
• D’anticiper la recevabilité des preuves et les suites contentieuses éventuelles, conseil de prud’hommes, tribunal judiciaire, tribunal correctionnel, grâce à une expérience du contentieux

Une décision récente de la cour administrative d’appel de Douai (CAA Douai, 5 mars 2025, n° 23DA02365) a confirmé que l’enquête menée par un cabinet d’avocats mandaté par l’employeur était apte à produire des preuves recevables, dès lors qu’aucune disposition ne s’y opposait, que les témoins avaient été informés des conditions de l’enquête, et qu’aucune partialité ou déloyauté n’était établie.

2.3. Organisation méthodologique de la démarche

Une enquête interne nécessite également de définir les modalités pratiques de conduite de l’investigation afin de garantir la cohérence, la traçabilité et la sécurité juridique de la démarche.

Cette organisation peut notamment inclure :

• La planification des auditions des personnes concernées, ordre des auditions, durée estimée, modalités de convocation
• La collecte et l’analyse des documents disponibles, revue documentaire, accès aux systèmes d’information dans le respect des règles de protection des données
• La définition des règles de confidentialité applicables à l’enquête, obligation de confidentialité des enquêteurs, des personnes entendues, des personnes ayant accès au rapport
• Les modalités de restitution des constats dans un rapport structuré, distinction entre exposé factuel et appréciation juridique, présentation des divergences, recommandations éventuelles

Une méthodologie clairement définie en amont contribue à garantir la rigueur de l’enquête, la qualité des constats établis et le respect des principes directeurs posés par les textes et les recommandations professionnelles : impartialité, proportionnalité, loyauté, respect de la vie privée, confidentialité et courtoisie dans les échanges.

Comme le souligne la charte méthodologique FACTIA, l’enquête interne ne se confond ni avec une procédure disciplinaire, ni avec une enquête pénale, et n’emporte par elle-même aucune décision : elle constitue un instrument d’établissement des faits destiné à permettre à la direction d’apprécier la situation portée à sa connaissance.

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3. La phase d’investigation

3.1. Les auditions des personnes concernées

Les auditions constituent le cœur de l’enquête interne. Elles permettent de recueillir les déclarations des personnes directement ou indirectement concernées par les faits rapportés : victime présumée, personne mise en cause, témoins, managers, collaborateurs des fonctions support.

Ces entretiens doivent être conduits dans un cadre structuré et sécurisé, permettant de recueillir les éléments utiles tout en garantissant le respect des droits de chacun et la confidentialité des échanges.

En pratique, cela suppose de :

• Convoquer les personnes dans des conditions adaptées, lieu neutre, horaires compatibles avec le travail, délai de prévenance suffisant pour permettre à la personne de se préparer
• Expliquer en début d’entretien le rôle de l’enquêteur, le cadre de l’enquête, son caractère non coercitif, la confidentialité des échanges et l’usage qui pourra être fait des déclarations
• Informer clairement la personne mise en cause de la nature des faits qui lui sont reprochés et de la possibilité de se faire assister par un avocat, conformément aux recommandations déontologiques, vademecum du Barreau de Paris, règlement intérieur national de la profession d’avocat, guide du Conseil national des barreaux du 12 juin 2020
• Conduire l’entretien de manière structurée, à charge et à décharge, sans pression ni promesse, en laissant à la personne le temps de s’exprimer et de produire tout élément qu’elle estime utile à la compréhension des faits
• Consigner les propos dans un compte rendu relu par la personne entendue, qui peut proposer des corrections, des compléments ou refuser expressément de signer

La charte méthodologique FACTIA préconise une retranscription fidèle des déclarations, relue en séance et, lorsque cela est possible, signée par la personne entendue ou, à défaut, accompagnée de la mention explicite de son refus. Cette traçabilité renforce la robustesse de l’enquête, sans recourir systématiquement à l’enregistrement audio ou vidéo, souvent mal perçu et juridiquement sensible au regard du droit à l’image et du règlement général sur la protection des données (RGPD).

Lorsque l’entretien se tient à distance (visioconférence), le procès-verbal est relu en séance à la personne entendue, qui peut formuler immédiatement toute correction ou précision. Le document est ensuite adressé par courrier électronique afin qu’elle signale, le cas échéant, d’éventuelles corrections à apporter. L’absence de signature manuscrite ou de retour écrit ne remet pas en cause la validité de l’audition ni la possibilité d’utiliser le procès-verbal comme élément d’analyse.

En cas d’arrêt de travail de la personne mise en cause ou de la victime présumée, les recommandations de la Défenseure des droits invitent à ne pas renoncer à l’enquête, mais à adapter les modalités, échange écrit, report de l’audition, visioconférence, en rappelant que la personne peut refuser de répondre pendant cette période sans que cela puisse lui être reproché. L’arrêt maladie ne doit pas faire obstacle à l’ouverture ni à la poursuite de l’enquête interne.

3.2. L’analyse des documents et éléments disponibles

En complément des auditions, l’enquête peut inclure l’examen de documents ou d’informations disponibles susceptibles d’éclairer la situation : échanges professionnels (emails, messageries instantanées professionnelles), documents internes (comptes rendus de réunion, organigrammes, notes de service), procédures internes, rapports d’audit, enregistrements issus de dispositifs de vidéosurveillance licites, etc.

Cette analyse documentaire doit rester proportionnée et respecter le cadre applicable en matière de protection des données et des libertés individuelles. Concrètement, la direction veille à ce que :

• Les dispositifs de contrôle et de collecte de données aient été portés à la connaissance des salariés conformément à l’article L. 1222-4 du Code du travail et, le cas échéant, soumis à l’information-consultation du comité social et économique, article L. 2312-38 du Code du travail pour les entreprises d’au moins 50 salariés
• Seules les informations nécessaires au traitement du signalement ou des faits soient consultées, dans le respect du principe de finalité posé par le RGPD
• Les données recueillies soient sécurisées, conservées pour une durée limitée et accessibles uniquement aux personnes autorisées dans le cadre de l’enquête

Les restrictions aux droits et libertés (vie privée notamment) doivent être justifiées par la nature de la tâche à accomplir et proportionnées au but recherché (article L. 1121-1 du Code du travail). Les guides professionnels récents soulignent que la qualité d’une enquête se mesure aussi à la manière dont elle équilibre la recherche de la vérité et le respect des droits des personnes (vie privée, secret des correspondances, droit à la protection des données).

En cas de transfert de données hors de l’Espace économique européen (enquête transnationale, recours à un prestataire situé hors UE), l’entreprise doit s’assurer du respect des règles encadrant les transferts de données : décisions d’adéquation de la Commission européenne, clauses contractuelles types, règles d’entreprise contraignantes (BCR), etc.

3.3. Le recoupement des informations

L’analyse des déclarations recueillies lors des auditions et des documents consultés permet d’identifier les points de convergence ou, au contraire, les divergences entre les différentes versions des faits. Cette étape de recoupement méthodique constitue un élément essentiel de la démarche d’enquête.

À l’issue des auditions et de la collecte documentaire, l’enquêteur procède à un recoupement systématique des informations. L’objectif est d’identifier :

• Les éléments convergents : faits attestés par plusieurs sources indépendantes, corroborés par des documents ou des éléments matériels
• Les divergences persistantes entre les versions des personnes entendues, dont la mention explicite dans le rapport garantit la transparence de la démarche
• Les zones d’incertitude qu’il n’est pas possible de trancher au regard des éléments disponibles, en l’absence de témoignage direct ou d’élément matériel probant

La méthode d’analyse, telle que formalisée dans la charte méthodologique FACTIA, repose sur la distinction nette entre l’exposé factuel (ce qui peut être considéré comme établi au vu des éléments recueillis) et l’appréciation des faits (analyse juridique, qualification éventuelle des comportements au regard du droit du travail et du droit pénal, évaluation des risques identifiés).

Cette séparation est précieuse pour le dirigeant : elle permet de comprendre ce qui relève du constat objectif et ce qui relève de l’analyse juridique, et de décider en connaissance de cause des suites à donner à la situation.

L’examen croisé des déclarations porte également sur leur cohérence interne (absence de contradictions manifestes au sein d’un même témoignage), leur constance dans le temps (absence de variations significatives entre plusieurs auditions de la même personne), ainsi que sur les éléments matériels éventuellement disponibles (emails datés, captures d’écran, comptes rendus contemporains des faits).

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4. La formalisation des constats

4.1. Rédaction du rapport d’enquête

À l’issue des investigations, les éléments recueillis sont regroupés dans un rapport d’enquête interne. Ce document n’est pas une simple compilation de notes ou de procès-verbaux : c’est l’outil de pilotage dont la direction a besoin pour décider des suites à donner à la situation, qu’il s’agisse de mesures de protection, de réorganisation, de sanctions disciplinaires ou de coopération avec les autorités.

Le rapport d’enquête doit rester lisible pour un dirigeant ou un directeur des ressources humaines, tout en conservant la rigueur juridique et méthodologique attendue dans un contexte potentiellement contentieux (conseil de prud’hommes, tribunal judiciaire, inspection du travail, autorités de contrôle).

En pratique, il comporte généralement :

• Un rappel du contexte et du périmètre de l’enquête : origine des faits, signalement, alerte, audit, dates de déclenchement, services concernés, limites éventuelles de l’investigation, personnes ou documents non accessibles, refus de répondre, etc.
• Une description de la méthode suivie : acteurs de l’enquête, enquêteur interne, cabinet externe, composition de l’équipe, étapes de la démarche, auditions réalisées, nombre, qualité des personnes entendues, volume et nature des documents examinés
• Un exposé synthétique des faits tels qu’ils ressortent des recoupements, en distinguant les éléments établis, les éléments probables et les divergences importantes entre les versions
• Une analyse des risques, disciplinaires, sociaux, pénaux, réputationnels, identifiés au regard des faits établis, et, le cas échéant, des recommandations relatives aux mesures de protection, de prévention ou de remédiation à envisager

Le rapport d’enquête constitue une analyse circonstanciée réalisée dans le cadre d’une obligation de moyens : il informe la décision de l’employeur, mais ne se substitue pas à son pouvoir d’appréciation et de décision. Comme le souligne la charte méthodologique FACTIA, l’employeur demeure seul compétent pour déterminer les suites disciplinaires ou organisationnelles qu’il entend donner à la situation examinée.

4.2. Présentation des faits établis

Le rapport expose les éléments factuels qui peuvent être considérés comme établis au regard des informations recueillies : événements attestés par plusieurs témoins indépendants, faits corroborés par des documents datés ou des éléments matériels, comportements reconnus par la personne mise en cause ou non contestés.

Cette présentation distingue systématiquement :

• Les faits matériels, dates, lieux, circonstances, paroles rapportées, comportements observés
• L’interprétation ou la qualification juridique de ces faits, caractérisation éventuelle d’un harcèlement moral, d’une discrimination, d’un manquement disciplinaire, etc.

Cette distinction permet à la direction de disposer d’une vision claire de ce qui est objectivement démontré et de ce qui relève de l’appréciation juridique, parfois susceptible de débat.

4.3. Mention des divergences éventuelles

Lorsque certaines déclarations ou éléments apparaissent contradictoires, le rapport mentionne également les divergences observées, sans chercher à trancher définitivement entre les différentes versions lorsque les éléments disponibles ne le permettent pas.

Cette transparence sur les limites de l’enquête renforce sa crédibilité et permet à la direction de mesurer le degré de certitude attaché aux constats. Elle évite également toute apparence de partialité ou de prédétermination dans l’analyse des faits.

Les divergences significatives sont expressément relevées dans le rapport, avec indication des éléments qui permettent ou non de privilégier une version. Lorsque les éléments recueillis ne permettent pas de trancher, le rapport le mentionne explicitement, ce qui préserve la clarté méthodologique de la démarche.

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5. Une étape distincte de la décision de l’entreprise

L’enquête interne vise à établir les faits de manière objective et contradictoire. Les décisions organisationnelles, managériales ou disciplinaires relèvent d’une phase distincte qui appartient exclusivement à l’entreprise, dans le respect des procédures applicables (procédure disciplinaire prévue par le Code du travail et la convention collective, consultation du comité social et économique si nécessaire, etc.).

Cette distinction entre établissement des faits et prise de décision constitue un principe essentiel dans la conduite d’une enquête interne. Elle garantit l’indépendance de l’enquêteur, la sérénité de la démarche et la qualité des constats établis.

Une fois le rapport remis, la direction doit se prononcer sur les suites à donner :

• Mesures de protection immédiates, éloignement géographique ou fonctionnel de certaines personnes, réorganisation des équipes, actions de prévention, rappel des règles internes
• Éventuelles sanctions disciplinaires, dans le respect des règles de procédure et des délais de prescription des faits fautifs, deux mois en droit privé à compter de la connaissance des faits par l’employeur, trois ans dans la fonction publique
• Actions correctrices plus structurelles, adaptation des procédures internes, formations des managers et des collaborateurs, renforcement de la prévention des risques psychosociaux, révision du règlement intérieur
• Information, si nécessaire, des autorités compétentes, inspection du travail, médecin du travail, régulateurs sectoriels, autorités judiciaires, lorsque les faits le justifient ou lorsque l’entreprise souhaite coopérer avec elles, convention judiciaire d’intérêt public, procédures de clémence

Les décisions prises par l’entreprise à l’issue de l’enquête seront appréciées, en cas de litige (contentieux prud’homal, contentieux pénal, recours devant l’inspection du travail), à la lumière de la qualité de l’enquête : diligence dans le traitement du signalement, impartialité de l’enquêteur, respect des droits des personnes entendues (droit d’être informées, droit d’être assistées par un avocat, respect du contradictoire), proportionnalité des mesures prises et cohérence entre les constats établis et les décisions adoptées.

Dans cette logique, FACTIA intervient exclusivement sur la phase d’établissement structuré et indépendant des faits, afin de produire un rapport factuel et juridiquement solide permettant à la direction de décider en connaissance de cause, dans le respect de ses obligations légales et de sa responsabilité sociale.

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6. Questions fréquentes

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Synthèse

Le déroulement d’une enquête interne en entreprise repose sur une démarche structurée et méthodique : préparation de l’investigation (périmètre, enquêteur, organisation), phase d’investigation (auditions, analyse documentaire, recoupement des informations) et formalisation des constats dans un rapport d’enquête clair et exploitable.

Cette démarche vise avant tout l’établissement rigoureux des faits, étape indispensable pour permettre à la direction de comprendre la situation dans sa globalité, d’évaluer les risques encourus et d’apprécier les suites éventuelles dans un cadre juridiquement sécurisé.

La décision finale appartient toujours à l’entreprise, qui peut s’appuyer sur les constats établis par l’enquête pour orienter ses choix (mesures de protection, sanctions disciplinaires, actions de prévention, coopération avec les autorités) dans le respect de ses obligations légales et de sa responsabilité sociale.

FACTIA établit les faits. L’entreprise décide.